Während ihrer Studienzeit wurde Marija Skender mit mehreren Preisen ausgezeichnet. 2005 gewann sie einen Preis als beste Kunststudierende der montenegrinischen Akademie der Wissenschaften und Künste. In Deutschland wurde ihr 2013 das Karl Steinbuch Stipendium der MFG Stiftung Stuttgart für das innovative Projekt „Orientalischer Klaviertanz“ zugesprochen, das sie in Zusammenarbeit mit dem KomponistenVincent Wikstrom realisierte.
Außerdem errang sie ein Stipendium der Gesellschaft der Freunde der Musikhochschule Stuttgart und - zusammen mit der Sopranistin Alessia Park - den Spezialpreis beim Karlsruher Wettbewerb für Interpretation zeitgenössischer Musik.
Marija Skender, schloss 2010 ihr Masterstudium an der Musikakademie in Cetinje, Montenegro, bei Prof. Svetlana Bogino ab. 2015 bestand sie ein weiteres Masterexamen für Neue Musik bei Prof. Nicolas Hodges an der Hochschule für Musik und darstellende Kunst Stuttgart.
Sie nahm an verschiedenen Meisterkursen bei den Pianisten Markus Stange (Deutschland), Vladimir Ovčinikov (Russland), Konstantin Bogino (Italien) und Jean-Pierre Collot (Freiburg) teil.